對(duì)于一個(gè)PCR儀反應(yīng)，雖然有各種各樣的PCR儀引物設(shè)計(jì)軟件或者經(jīng)驗(yàn)公式計(jì)算*適的退火溫度，可是由于模版中堿基的組合千變?nèi)f化，對(duì)于特殊片斷，經(jīng)驗(yàn)公式得到的數(shù)據(jù)不一定能"P"出來(lái)結(jié)果，細(xì)微的變化對(duì)結(jié)果都可能產(chǎn)生決定性的影響，因而“摸條件”一度是讓人很頭疼的問(wèn)題。梯度PCR的出現(xiàn)部分解決了一些問(wèn)題——在反應(yīng)過(guò)程中每個(gè)孔的溫度操控條件可在指定范圍內(nèi)按照梯度變化，根據(jù)結(jié)果，一步就可摸索出*適合的反應(yīng)條件。不單退火溫度，連變性溫度和延伸溫度都可優(yōu)化——對(duì)于多種聚合酶混合酶擴(kuò)增如Invitrogen、Clontech、Promega的多數(shù)高保真Taq酶來(lái)說(shuō)這個(gè)非常重要，因?yàn)門(mén)aq和校正酶的*佳反應(yīng)溫度可能有顯著差異，優(yōu)化延伸溫度就顯得很重要。多次實(shí)驗(yàn)可在一臺(tái)儀器上完成，既節(jié)省實(shí)驗(yàn)時(shí)間提高效率，又節(jié)省實(shí)驗(yàn)成本。
對(duì)于帶梯度功能的PCR儀，需要考慮梯度模式下區(qū)別梯度管排間的溫度均勻性和準(zhǔn)確性，還必須考慮儀器在梯度模式和標(biāo)準(zhǔn)模式下是否具有同樣的溫度特性。這種差異可能導(dǎo)致在梯度模式下得出的*佳條件與標(biāo)準(zhǔn)模式下單獨(dú)做的結(jié)果出現(xiàn)差異。SteadySlope技術(shù)是EPPENDORF擁有的梯度PCR技術(shù)**，可同樣的溫度變化速率到達(dá)所有設(shè)定的梯度溫度，所以在梯度模式下具有恒定的溫度性。這一技術(shù)保證了在梯度模式和普通模式之間可進(jìn)行可靠的信息傳遞，不會(huì)因?yàn)闇囟忍匦詤^(qū)別而導(dǎo)致產(chǎn)量和特異性的變化。MJ公司沒(méi)有付**費(fèi)而選擇在梯度模式下采用區(qū)別的降溫速率，每個(gè)梯度溫度之間的溫度曲線區(qū)別，從梯度模式向普通模式進(jìn)行轉(zhuǎn)換的可能會(huì)出現(xiàn)問(wèn)題。此外采用TCT（三組回路）技術(shù)的梯度PCR儀由于在梯度PCR模式下增加了一個(gè)加熱和冷卻的操控區(qū)域，保證了梯度溫度操控的**性并使區(qū)別梯度管排間的溫度均勻性更好。
在PCR儀上增加原位PCR模塊就可在玻片上進(jìn)行原位PCR擴(kuò)增，MJ和eppendorf的PCR儀都有提供原位適配器以滿足區(qū)別需要。購(gòu)買(mǎi)配有支持原位PCR模塊的PCR儀對(duì)從事醫(yī)學(xué)研究的工作者是很值得的，一機(jī)兩用。
此外，隨著基因組高通量研究的需求的提高，各品牌都推出了多槽式高通量PCR儀，各有特長(zhǎng)：MJ有一種一拖四，就是1個(gè)主機(jī)帶4個(gè)擴(kuò)增槽，每個(gè)槽可獨(dú)立控溫，一次可作96x4個(gè)樣品的PCR，不過(guò)一旦出現(xiàn)問(wèn)題4個(gè)都不能用了。ABI則在原來(lái)的9700的基礎(chǔ)上推出了雙384孔的基座，一次完成384x2個(gè)樣品，使得9700的功能又?jǐn)U展到高通量領(lǐng)域而無(wú)需購(gòu)買(mǎi)新的機(jī)器，可惜兩個(gè)384槽不能獨(dú)立控溫。eppendorf則有一個(gè)操控面板，可操控5個(gè)獨(dú)立的PCR儀，每臺(tái)機(jī)器可聯(lián)合，而且互不影響，但是比較浪費(fèi)空間。 尊敬的客戶：
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