下面對DNA合成儀進行合成的一些問題進行解說解說。 １、DNA合成粗產物中含有什么雜質？
DNA合成儀合成的粗產物經過濃氨水氨解以后，其中除了含有所需的目的DNA片段(n)以外，還含有合成反應過程中產生的目的片段短的失敗片段(n-1,n-2,…)以及脫保護基團產生的銨鹽。需要通過純化去除短片段、通過脫鹽去除鹽分。
２、如何檢測引物的純度？
實驗室方便的作法是用PAGE方法。使用加有7M尿素的16%的聚丙烯酰胺凝膠進行電泳。取0.2-0.5OD的引物，用尿素飽和液溶解或引物溶液中加入尿素干粉直到飽和，上樣前加熱變性(95oC,2mins)。加入尿素的目的一是變性，二是增加樣品比重，容易加樣。600V電壓進行電泳，一定時間后(約2-3小時)，剝膠，用熒光TLC板在紫外燈下檢測帶型，在主帶之下沒有雜帶，說明純度是好的。(有時由于變性不充分，主帶之上可能會有條帶，乃是引物二級結構條帶。)
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